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1-Carte d’identité de la formation

Domaine : Sciences, Technologies, Santé
Mention : Bio-informatique
Discipline : Sciences de la vie, Biologie, Informatique
Public concerné : Formation continue, Formation initiale
Niveau de sortie : Master
Durée : 4 semestres
Crédits : 120 crédits ECTS
Composante : UF Biologie
Site de formation : Campus Pessac, Campus Talence
Responsable(s) de la formation : Jean-Christophe Taveau
Objectifs et compétences

La mention bioinformatique forme des ingénieurs en bioinformatique dans les secteurs académiques et industriels .

Les compétences acquises au cours de cette formation permettront de faire face aux défis de la biologie 2.0 avec les nouvelles technologies de production de données du vivant à haut débit. Il s'agit donc d'acquérir une double compétence en informatique (algorithmique et programmation) et biologie de manière à faire des étudiants de biologie des utilisateurs avancés (développement logiciel et analyse experte de données) du génome aux écosystèmes.

Les différents parcours proposés par la mention permettent à l'étudiant de choisir le domaine d'applications - Santé, Agrosciences, Environnement - dans lequel il souhaite définir son futur profil professionnel.


2- Parcours

Parcour "Bioinformatics And Omics"
- Mobilité à l'Université du Pays Basque en semestre 2/8.

- Apprentissage des logiciels majeurs de bioinformatique dans le domaine de la génomique à haut débit.
Parcours Biologie computationnelle
Le parcours Biologie Computationnelle permet l'acquisition d'une formation avancée dans la conception d'outils informatiques quelque soit le domaine spécifique d'application en biologie. Ceci passe par un apprentissage des concepts et méthodes théoriques et appliquées nécessaires pour spécifier, concevoir et développer les applications informatiques.

Parcours "Du Génome aux Ecosystèmes" dont parcours international
Le parcours "Du Génome aux Ecosystèmes" (ou GENECO) forme les étudiants à maîtriser et à manipuler des outils bioinformatiques et biostatistiques avec l'objectif d’analyser et d'intégrer des données de la biologie moléculaire ou de l'environnement (omics), tout en appliquant et adaptant ces outils informatiques au monde du vivant.

Ce parcours existe aussi en version internationale avec un partenariat avec l'Université du Pays Basque UPV/EHU et se traduit par une mobilité en semestre de printemps en 1ère année (semestre 2 ou 7) à Bilbao (Espagne). Tous les enseignements de ce parcours sont en anglais.





3- Compétences à acquérir :

    Travailler en équipe dans différents contextes, y compris avec des personnes issues de disciplines différentes : s'intégrer, se positionner, collaborer, communiquer et rendre compte.
    Etre capable de mettre en œuvre des outils bio-informatiques et des banques de données pour la modélisation de processus biologiques et pour l’étude de l’évolution des molécules et des organismes.
    Connaître les principes de base de l'algorithmique
    Maîtriser un ou plusieurs langages de programmation pour l'appliquer aux domaines des sciences du vivant (statistiques, bases de données, imagerie, modélisation).
    Savoir mettre en œuvre une méthodologie: choisir la meilleure stratégie, construire un protocole analytique, identifier les sources d’erreur, analyser et interpréter les données.

4 - Recherche

Sur le campus de l'université de Bordeaux, il y a une présence significative de laboratoires de recherche en biologie, informatique et imagerie en microscopies.
Le master se situe à l'interface de ces disciplines et s'appuie sur un fort potentiel d'EC et de chercheurs émanant de ces laboratoires. La bioinformatique à l'heure actuelle concerne autant la gestion de données, la modélisation des systèmes du vivant et l'analyse d'images que l'analyse des écosystèmes. Tous ces domaines sont très largement représentés par les entités de recherche du campus (LaBRI, CBMN, INRA).
International

Autre accord européen ou international : The BAO (Bioinformatics And Omics) international program is both based on the experience of metagenomics data of the UPV/EHU (University of Bilbao, Spain), and the experience in training bioinformatics to biologists of the Master of Bioinformatics of Bordeaux University. The BAO master is a two-year post-graduate Master program, entirely taught in English, and designed to the new challenge of analysing complex “omics” data at the interface of Bioinformatics. The revolution in high-throughput sequencing technologies has enabled the acquisition of gigabytes of data sequences and entailed to meet new challenges in the new era of “omics» data. To perform the exploitation and analysis of these data, the contribution of Bioinformatics is essential and impacts the practices in training the future biologists. Their skills have to evolve towards a good level of computer ability to use relevant software applications dedicated to the “omics” data while enhancing their understanding of life science. In this context, the master of Bioinformatics of the university of Bordeaux and the “Titulo propio” « Bioinformatics and Omics » of the UPV/EHU proposes an International Master's Program dealing with the combined training of metagenomics and Bioinformatics.

Stage à l'étranger ou semestre de mobilité : Les étudiants réaliseront leur stage dans un des domaines de la biologie adressant la bioinformatique: génomique, métabolomique, écologie, imagerie ..... ils seront évalués par leur maitre de stage et par l'équipe pédagogique du master au travers d'un rapport de stage et d'une soutenance.

Autre dispositif d'internationalisation : Au delà du parcours international "Bioimages, structures and contents" qui par nature est international, les étudiants peuvent souscrire au programme Erasmus et aller suivre un semestre dans un pays partenaire.